Nach seinem Ruf an die FH-Stralsund (1997) war er am Aufbau des Bachelor Studiengangs „Medizininformatik und Biomedizintechnik“ sowie des Master Studiengangs „Medizininformatik“ beteiligt. Parallel zur Lehrtätigkeit beantragte er erfolgreich Projekte im Bereich der Telematik und konzipierte eine landesweite Teleradiologie-Plattform (TKmed® - Telekooperation in der Medizin). Prof. Staemmler ist wiss. Beirat der KH-IT, stellvertretender Leiter der AG Telemedizin der GMDS, Beisitzer im Vorstand der HL7 Benutzergruppe in Deutschland e.V. sowie Mitglied im BVMI und ASTM.